1966年春，文化大革命开始了。数学系的历史进入“十年动乱时期”。5月16日，中共中央政治局通过了全面发动“文化大革命”的通知（简称5.16通知）。 《人民日报》发表社论“横扫一切牛鬼蛇神”，学校秩序顿时大乱。大字报贴满数学馆，揭露所谓“资产阶级反动教育路线”。数学系的教学科研工作完全陷于停顿。 应届毕业生（66届）推迟毕业，不放暑假。
8月4日，数学系部分学生在数学馆门前揪斗本系的“牛鬼蛇神”，对全部老教授以几个年轻的党员干部进行游斗，游斗后进行监督劳动。学生接着出外大串联。 学校工作全面停摆。
1967年的“一月风暴”，将全国推入“夺权斗争”的阶段。政府部门陷入瘫痪。接着是成立革命委员会。华东师范大学革命委员会在?月?日成立。 数学系的两派群众经过反复协商，也在5月成立了数学系革命委员会。
在“四人帮”把持的“文革领导小组”的挑动下下，群众斗群众， 武斗连连，全国陷于混乱。华东师范大学也是如此。没有教学科研的数学系，天天搞运动。 在“清理阶级队伍”过程中，许多教师和学生遭到人身迫害。
1968年7月27日，北京向各个高等学校派遣“工人、解放军毛泽东思想宣传队”（简称“工宣队”），制止武斗，领导“斗、批、改”。全国仿效。8月， 华东师范大学由“工宣队”接管权力，数学系也是如此。工宣队把高校作为“资产阶级统治”的地方，进行改造。继续错斗和批判一大批教师和干部。
1969年，因为与苏联在黑龙江边境发生军事冲突。全国进入“备战”状态。全校到嘉定县马陆公社进行“斗批改”。当时，还组织师生“拉练”， 到浙江南浔、湖州、安徽广德等地徒步“行军”。数学系、物理系一度并入校办工厂，教师到工厂劳动。66届和67届学生相继毕业离校。剩余的学生“进行复课闹革命”， 陆陆续续上了一点专业课。到1970年，全部学生离开学校。
按照统一部署，华东师范大学、上海师范学院、上海教育学院、上海体育学院、上海半工半读师范学院等5校合并，成立上海师范大学。 这时数学系教师由以上各个学校的数学教师组成。
1970年6月27日，中共中央批准《北京大学、清华大学关于招生（试点）的请示报告》。于是进入“工农兵学员”上大学的阶段。
1972年，首届?名工农兵学员经过“推荐”进入数学系。学制三年。以后每年招收一届。1976年为最后一届。其中一部分学生文化程度很低， 从补习“分数、小数”的四则运算开始。当然也有一些很优秀的学生，日后留校工作，成为著名学者。 如祝智庭、林华新、陈果良等。
在科研方面，纯粹数学研究自然不能再搞了。当时盛行“开门办学”，学生必须到生产实际中去学习数学。在带领学生下厂下乡的过程中， 也解决了一些生产实际问题。例如，设计“线切割机”，用数学方法进行剪切钢板；用程序设计方法，进行纺织编结；用矩阵方法计算煤气管道的铺设； 在上海锅炉厂进行试验，解决有关数学问题等。当时，曾经将有关的项目编辑成册。
1972年，陈省身回到上海访问演讲。曹锡华是他在中央研究院时的学生，和他进行了会见。
1975年，学习《马克思数学手稿》，了解“非标准分析”的出现，改革微积分教材。同时，程其襄参加《马克思数学手稿》（上海译文）的翻译工作， 从德文直接译出。李锐夫、周彭年、周克希等翻译《微积分概念史》、《英国SMP中学数学教材》，由上海人民出版社出版。
1976年5月，美国纯粹数学与应用数学代表团访问中国。代表团曾经到数学系访问。当时的情况待补充。
此后不久，一举粉碎“四人帮”，中国历史翻开了新的一页。华东师范大学数学系的历史也将进入一个崭新的阶段了。