经过1960年上半年的冒进，下半年即开始收缩。1961年开始国家发生经济困难，实行“调整、巩固、充实、提高”8字方针。政治运动停止，学校恢复正常教学秩序。 数学系的教学科研进入新时期。
刘维南任总支书记、郑启明为副书记、副系主任。曹锡华续任系主任。业务班子由党员骨干曹锡华、陈昌平、张奠宙三人组成。办公室主任应天翔。
分析教研室分解为函数论、微分方程、概率论三个教研室。由张奠宙、陈昌平、林忠民分别担任室主任。程其襄教授不再担任教研室主任职务。
代数学教研室主任：朱福祖。几何教研室主任???。 计算数学主任???
1960年下半年，曾经设想数学系和物理系合作，进行重大力量研究，例如研究理论物理和微波通讯。学校曾要求曹锡华、陈昌平、张奠宙去物理系学习安装收音机， 学习电子学，但不久即停止。
62年广州会议，给资产阶级知识分子“摘帽”。62年夏天在颐和园龙王庙为发展“代数、拓扑、数论、微分几何、函数论”五个纯粹数学学科开会，曹锡华应邀参加。
在这样的形势下，校部要求攻克科研制高点，恢复基础理论研究。在调整中谋求更大的发展。在党总支刘维南、郑启明的领导下， 主要由曹锡华、陈昌平、张奠宙负责，听取程其襄、林忠民等同志的意见，确定“广义函数”为特色方向。相应地，泛函分析方向为广义函数（超函数）， 微分方程为广义函数空间上的微分算子，概率论研究广义随机过程。代数学和几何学研究独立发展、相互配合。 曾共同研读当时新出版的苏联盖尔芳德着的《广义函数论》共5卷。
与此同时，大力培养年轻力量。各教研室都选拔一批优秀年轻人才加以重点培养，要求制定红专规划。给业务尖子提供便利条件， 例如对史树中、陈志杰、邱森、王吉庆等提出了特殊要求。系内组织大量的讨论班。如函数论组有Halmos《测度论》讨论班，从头至尾报告完毕。
这一系列措施，为以后数学系的发展奠定了比较坚实的基础。
1961年，进入困难时期，研究生班停止招生。《数学教学》因纸张供应困难而停刊。
本科恢复正常教学秩序，全面修订教学计划。当时由李锐夫先生请客，在文化俱乐部开会并晚餐。确定在加强基础的同时，把概率论、数理方程列入必修课。 五年制设立专门化，需要开设大量选修课。
为了加强基础课。程其襄上一年级数学分析，自编讲义（张奠宙负责一个小班）。次年，为培养青年教师计，张奠宙正式为1962级学生开设《数学分析》， 林忠民讲授概率论。因5年制需要开设大量专业课。概率统计、数理方程、泛函分析、近世代数、运筹学等课程准备开设。开设一列专门化课程， 其中包括李锐夫、戴崇基、史树中联合编写的《复函续论》等。
1961年吕乃刚从苏联留学回国后, 到华东师大数学系工作，史树中、宋国栋、顾鹤荣等留校。1962年陈志杰、梁小筠留校工作。 王光淑1963年复旦大学讲师调华东师大数学系（1999年11月11日去世）。由于1963年本校没有毕业生，从复旦分配吴良森、戴崇基来师大工作。 教学力量有了进一步增强。其他的人事变动有：1962年暑期赖英华, 林锉云调江西大学，1962-1963学年王鸿仁去南京大学数学天文系进修程序设计和计算方法。 回校后, 计算机研制再次下马，1964年王鸿仁调二附中。
1961-1963的这几年，虽然物质上相对贫困，但是凭着大家对社会主义建设事业的热忱，各项工作都取得了前所未有的成绩。
1962年，陈昌平在《数学学报》发表论文，为我系创新性科研的重要一步。数学系领导继续抓紧科研工作。经过三年自然灾害时期的休养生息， 中青年的科研力量初步形成。 仅在《华东师范大学学报》上发表的论文就有：
邱森：63年开始搞李代数，64年在华东师大学报上发表李代数文章。
1964年初，张奠宙到复旦大学随夏道行研究算子谱论。将近一年时间，完成“广义标量算子和可分解算子”的论文（1966年在复旦大学学报）上刊出。 这是我国“算子谱论”的早期研究工作，也是数学系这一方向上的第一篇论文。
茆诗松从苏联学成归国。其论文“对称无记忆信道传输信息中错误概率的渐近估计”（俄文）发表在1965年第1期《Theory of Probability and its Applications》上。
林忠民， 郑英元，史树中 ???先后发表论文。
在教学上，大量的专门化课程、选修课的开设，锻炼了年轻教师的业务能力，为进一步的科学攀登打好基础。可以说，这是数学系科研水平提高最快的一段时期。
人事上， 1964年毕业的邱森、刘昌昆、张雪野、王吉庆、周纪芗等；1965年毕业的蒋鲁敏、吴允升等留校工作。（名单不全）。
1964年毛泽东主席发表关于教育的“春节讲话”，其中提到“书读多了要害死人”，“卑贱者最聪明，高贵者最愚蠢”，“考试把学生当敌人”等断言。 原来比较平静的教学秩序，又开始动荡不安。为了贯彻毛主席春节讲话，解放军部队开展“郭兴福教学法”运动。 地方上紧跟学习。1965年春天， 以刚入学的1964级新生为试点，由林克伦、张奠宙负责分析课改革，联系实际， 把“凸轮”搬进课堂，教师与学生“三同”。
政治上，1964年7月，中央决定大规模开展“四清”运动。 华东师范大学由杨希康带队到到安徽凤阳搞“四清”，数学系有朱福祖、胡启迪等参加。
1965年夏季，部分教师和66届和67届的全体学生到崇明参加四清运动，分布在大同公社、新民公社、新河公社、竖河公社、大新公社等地。 带队的有徐振环、张奠宙、薛天祥、茆诗松等。